A la fin du Premier millénaire, il y avait dans le monde cinq patriarcats (évêchés importants regroupant par régions d’autres évêchés) : Rome, Constantinople, Alexandrie, Jérusalem et Antioche.
Au début du Deuxième millénaire (la date du schisme est 1054), le patriarcat de Rome prend son indépendance, entraînant les évêchés d’Europe occidentale.
Il développe progressivement une doctrine différente de celle des autres patriarcats:
– sur la Trinité : le Père et le Fils sont tous deux source unique de l’Esprit (la doctrine orthodoxe est que le Père est source unique du Fils et de l’Esprit, d’après l’Evangile selon saint Jean). Le Symbole de Foi (« Credo ») est modifié par Rome qui y introduit la formule : » le Saint-Esprit procède du Père et du Fils « ;
– sur l’Eglise : le Pape de Rome, appelé » évêque des évêques « , a une autorité supérieure à celle des conciles – rassemblement des évêques (la doctrine orthodoxe est que tous les évêques sont égaux : un patriarche est un évêque parmi d’autres, le » premier parmi les égaux « ;
– sur Marie la Mère de Dieu : la papauté introduit la doctrine de l’Immaculée conception, suivant laquelle la Vierge aurait été conçue » sans péché » (la doctrine orthodoxe est que seul le Christ est sans péché, puisqu’ Il est Dieu) ;
– sur le salut : la papauté introduit la doctrine du Purgatoire, lieu spirituel où les défunts expient les péchés de leur vie (cette doctrine n’existe pas dans la tradition orthodoxe) ;
Le patriarcat de Rome développe également une discipline différente de celle des Eglises orthodoxes : les évêques des différents pays sont nommés par le Vatican (dans l’Eglise orthodoxe, les évêques sont élus par les prêtres et les fidèles de chaque diocèse avant d’être consacrés par trois autres évêques) ; le clergé est obligatoirement célibataire (le clergé paroissial orthodoxe est marié, suivant la tradition ancienne de l’Eglise) ;
Dans le domaine liturgique, l’ « épiclèse » – prière à l’Esprit-Saint après les paroles du Christ dans l’Eucharistie – disparaît (elle est conservée dans la liturgie orthodoxe : c’est par l’action du Saint Esprit que le pain et le vin sont identifiés au corps et au sang du Christ).